常州清真寺始建于明洪武年间，原名“真教寺”，又叫双桂坊清真寺。初建时十分简陋，在明万历、清同治年间均有较大的修葺。1996年，为适应时代需求，在原址翻建。2003年又因市政建设需要移建，于2006年10月建成。清真寺建筑呈阿拉伯风格，占地1354平方米，建筑总面积4800平方米，主体六层，局部八层，雄伟庄严，金顶白塔，相映成辉，已成为常州市中心一景。清真寺内部设计合理，功能齐全，各类设施完备，大殿可容纳800余人同时礼拜。

多年来，常州清真寺坚持爱国爱教优良传统，遵守国家法律法规，依法开展宗教活动；在政治上与党和政府保持一致，顾全大局，为维护常州伊斯兰教界的稳定、促进社会和谐作出了应有的贡献。

常州清真寺始终把寺务管理放在重要位置，在不断改善硬件条件的基础上，健全寺管会组织，完善内部制度。教职人员教风端正，品行良好，尽心尽职为穆斯林服务，得到群众赞誉。

面对不断增多的外来穆斯林，常州清真寺创造性地做好管理服务工作，帮助他们提高素质，使其尽快融入常州。广大外来穆斯林也把清真寺当成了自己的家。

常州清真寺于2010年被中央统战部和国家宗教局授予“首届全国创建和谐寺观教堂先进集体”荣誉称号。2015年2月，清真寺被认定为江苏省首批五星级宗教活动场所。